En el primer lustro del nuevo mileno, Boca vivió la etapa más ganadora de la historia de la institución y además de las dos coronaciones en la Intercontinental y las repetidas consagraciones en la Copa Libertadores, se dio el lujo de ser bicampeón de la Sudamericana un día como hoy, hace 15 años.
El Xeneize arrancó el 2004 como campeón del mundo y su gran objetivo volvía a ser la Copa Libertadores, pero Once Caldas truncó el sueño en la final. El segundo semestre de ese año, Jorge «Chino» Benítez se hizo cargo del equipo y lo llevó a la coronación de la segunda competencia continental.
Boca llegó a esa edición de la Sudamericana como invitado y se incorporó en los octavos de final, donde dejó en el camino a San Lorenzo. En la siguiente instancia volteó a Cerro Porteño y bajó a Inter de Porto Alegre en las semifinales. La final ante Bolivar arrancó con una derrota en La Paz y el Xeneize lo revirtió de la mano de Carlos Tevez y Martín Palermo en la Bombonera, para consagrarse por primera vez en la historia.
La temporada siguiente, la dura y escandalosa eliminación de la Copa Libertadores a manos de Chivas de Guadalajara se cargó a al Chino Benítez y llegó Alfio Basile, uno de los entrenador más ganadores del club de la Ribera en lo que va del Siglo XXI.
El primer gran objetivo del Coco fue defender el título de la Copa Sudamericana y lo logró con creces. El Xeneize nuevamente entró en octavos y volvió a verse las caras con Cerro Porteño e Inter en las primeras llaves y las cerró con autoridad. En semifinales luchó para eliminar a Universidad Católica y en la final, un 18 de diciembre, se coronó a través de los penales ante Pumas de México con la recordada ejecución del Pato Abbondanzieri.
De ese modo, Boca se convirtió en el primer bicampeón de la competencia, marca que fue igualada por Independiente con la coronación en el Maracaná en 2017, pero se mantiene como el único que lo hizo de forma consecutiva.